Bộ phim mở ra với một thế giới huyền huyễn, nơi mà thứ sức mạnh Thần Lực được đặt lên trên tất cả, mà để có được nó thì tất cả mọi người đều phải trải qua tu luyện. Nguyên Tôn cũng xoay quanh nhân vật chính là Chu Nguyên, bản thân là thái tử của Đại Chu vương triều và có trong mình vận khí Thánh Long, chẳng may Chu Nguyên lại bị Đại Vũ quốc lập mưu cướp đoạt ngay từ khi chào đời. Đó cũng là nguy cơ khiên Đại Chu vương triều đứng bên bờ diệt vong. Và cũng từ đó mà câu chuyện bắt đầu mở ra, Chu Nguyên bằng tất cả nỗ lực và sự giúp đỡ từ sư phụ, những người bạn, bắt đầu bước vào con đường tu luyện để giành lại những gì vốn thuộc về mình.